蛋白層析柱使用減壓洗脫，避免了加壓洗脫時玻璃柱爆炸的危險。另外，柱子是用預定量的溶劑洗脫，把溶劑流干直至再加洗脫劑。這些特性，使得干法快速柱層析技術特別適合梯度洗脫。事實上，這也是開發此類層析柱的常選方式。顧名思義，梯度洗脫使用的使極性逐漸增加的溶劑洗脫。

 

　　需要的設備很簡單，就是把減壓抽濾所用的圓柱形多孔漏斗，通過一個錐形插口轉換頭連接到一個圓底燒瓶上，另外側邊的一個插口連接到水泵。要純化的樣品量決定了使用的漏斗的大小和洗脫液的接收體積。

 

　　蛋白層析柱干法裝柱是在一個層析柱中直接加入硅膠，填充到你需要的高度，然后向其中加入石油醚，讓溶劑*浸潤硅膠，直至下端流出。在確保不會干的前提下，上面可以加壓，讓硅膠填充更緊密。

 

　　這樣反復操作幾次，完成裝柱。濕法裝柱是先將需要的硅膠加入到一個燒杯中，然后加入石油醚，攪拌除去硅膠中的氣泡，然后將硅膠的懸濁液加入到層析柱中，加壓讓多余溶劑從下端流出，完成裝柱。

 

　　干法裝柱速度比較快，但不太容易裝緊密，適合快速分離那些分離度較高或者只有一個點的樣品。濕法裝柱速度慢，但是柱子比較緊密，適合分離較難分的樣品。而且濕法裝柱可以預先在拌硅膠的時候加入三乙胺之類的，中和硅膠的微量酸性，對于分離那些硅膠中容易分解變雜的化合物很有效。